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振込手数料は経費で落とせる？勘定科目は支払手数料でも、ネットバンキング分はATMと違って帳簿だけでは足りない【2026年版】

最終更新: 2026-10-13 ・ Comparly編集部

★★★★☆4.1

勘定科目は支払手数料で終わりです。詰まるのは消費税のほうで、ATMで振り込んだ分は帳簿だけでよく、ネットバンキングと窓口の分は対象外。国税庁が示した実務対応は「通帳＋その金融機関の任意の1取引分のインボイス」です。1万円未満なら帳簿だけでよい少額特例は2029年9月30日で終わります。

本記事にはアフィリエイト広告（プロモーション）を含みます。料金・仕様は2026年10月13日に公式サイトで確認した内容です。税制の記載は同日に国税庁および公正取引委員会の公表資料で確認しました。改定される場合があるため、最新の条件は必ず各公式サイトでご確認ください。なお本記事は一般的な整理であり、個別の取引の処理は顧問税理士または所轄の税務署にご確認ください。

この記事でわかること

  • 振込手数料を払ったときの勘定科目と、それで話が終わらない理由
  • ATMで振り込んだ分とネットバンキングで振り込んだ分で、保存するものが変わること（国税庁 問103－2）
  • 1万円未満なら帳簿だけでよい少額特例の期限（2029年9月30日）
  • 逆に、手数料を差し引かれて入金されたとき（売手側）の2つの処理と、1万円未満の交付義務免除
  • 2026年1月から、そもそも差し引くこと自体が禁止された取引があること（取適法）
  • 保存の手間と現金の両方を減らす、いちばん単純な方法

結論（先に3行）

  1. 勘定科目は「支払手数料」で、経費になります。 ここで迷う人はほとんどいません。実際に詰まるのは所得税や法人税ではなく、消費税の仕入税額控除で何を保存するかのほうです。
  2. ATMで振り込んだ分は、一定事項を記載した帳簿だけで控除できます。ネットバンキングと窓口の分は、この特例の対象外です。 国税庁は代わりに「通帳や入出金明細」＋「その金融機関での任意の一取引分の適格簡易請求書」の組み合わせでよいと示しています（適格請求書等保存方式に関するQ&A 問103－2）。
  3. 1万円未満なら帳簿だけでよい少額特例は、2029年9月30日までの経過措置です。 いま何も考えずに済んでいるなら、それは期限付きの措置に乗っているだけ、という前提で仕組みを決めてください。

もうひとつ先に置いておきます。振込1件あたりの手数料そのものを下げると、この話の後半はまるごと軽くなります。 件数が同じでも、1件550円を119円にすれば年間で支払う額は5分の1近くになり、少額特例が終わったあとに残る事務の量も金額の重みも変わります。処理の仕方を詰める前に、単価を見直す余地がないかを先に確かめるほうが早いことがあります。

👉 他行宛119円・口座維持0円という条件が自社に当てはまるかを、ラクスルバンクの公式サイトで確認する

勘定科目は「支払手数料」で迷わなくていい

銀行に払う振込手数料は、事業のための支出なので経費になります。使う勘定科目は支払手数料が一般的です。個人事業主でも法人でも同じ考え方で、「雑費」に入れても税額が変わるわけではありませんが、金額の推移を追いたいなら支払手数料にまとめておくほうが後で役に立ちます。

消費税の区分は課税仕入れです。銀行振込の手数料は、預金の利息のような非課税取引ではなく、金融機関が提供する役務の対価だからです。ここは、同じ「手数料」でも非課税になるファクタリング手数料とは扱いが違います。

計上するタイミングは、振込を実行した日です。月末にまとめて明細から拾う運用でも構いませんが、期末をまたぐ分は振込日ベースで切ってください。

ここまでが、検索して出てくる話のほぼ全部です。問題はこの先です。

落とし穴：ATMとネットバンキングで、保存するものが違う

消費税の仕入税額控除を受けるには、原則として適格簡易請求書（レシート型のインボイス）と帳簿の両方の保存が必要です。ところが振込手数料は、1件数百円のものが月に何十件も出ます。全部についてインボイスを集めるのは現実的ではありません。

国税庁は、この点について問103－2（令和6年4月追加・令和7年6月改訂）で経路別の扱いを示しています。

振込の経路 保存するもの 根拠
ATMでの振込・入出金 一定事項を記載した帳簿のみでよい 自動販売機特例（機械装置だけで代金の受領と役務の提供が完結するため）
インターネットバンキング 原則はインボイス＋帳簿。困難なときは「通帳・入出金明細」＋「その金融機関での任意の一取引分の適格簡易請求書」 問103－2
窓口 同上 問103－2

読み違えやすいのはここです。 「銀行の手数料は帳簿だけでいい」と覚えている人は少なくありませんが、それが成り立つのはATMで振り込んだ場合です。ネットバンキングは機械装置だけで完結する取引とは扱われないため、自動販売機特例には乗りません。法人口座の振込はほぼネットバンキング経由ですから、実務上は特例が効かないほうが多数派になります。

そのうえで国税庁が示した代替策が、上の表の2行目です。通帳や入出金明細（取引年月日と対価の額が分かるものに限ります）を金融機関ごとに保存し、その金融機関での任意の一取引分だけ適格簡易請求書を取っておけば差し支えない、という整理です。金融機関が登録を取りやめない前提であれば、この一取引分は一度取得して保存すれば足りるとされています。登録番号・適用税率・取引内容が記載された「手数料のお知らせ」が一通あれば、それで代えることもできます。

オンラインでインボイスが電子データで提供される場合は、原則としてダウンロードが必要です。ただし、同種の手数料が繰り返し発生し、インターネットバンキング上で随時確認できるなど一定の要件を満たせば、ダウンロードまでは不要とされています。

今日やるべきことは1つです。 メインで使っている金融機関ごとに、手数料のインボイス（または登録番号入りの手数料のお知らせ）を1枚だけ取って、所定の場所に保存してください。これで経路の問題は片付きます。

1万円未満なら帳簿だけ、は2029年9月30日で終わる

もうひとつ、多くの事業者が実際に乗っている措置があります。少額特例です。

基準期間の課税売上高が1億円以下などの一定規模以下の事業者は、令和5年10月1日から令和11年9月30日までの間に国内で行う課税仕入れのうち、支払対価の額が1万円未満のものについて、一定事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除ができます。振込手数料は1件数百円ですから、この条件を満たす事業者にとっては、前の章の話がまるごと不要になります。

ただし経過措置です。 令和11年9月30日は西暦2029年9月30日です。その日を過ぎると、一定規模以下の事業者であっても1万円未満の課税仕入れに原則どおりの保存が必要になります。いま手数料まわりで何の手当てもしていないなら、それは「問題がない」のではなく「期限のある措置に乗っている」という状態です。前章の一取引分のインボイスを1枚取っておく作業は5分で終わるので、先にやってしまうほうが安全です。

逆の立場：手数料を差し引かれて入金されたとき

ここからは売る側の話です。請求額から振込手数料を引いた金額が入金されてくる、というケースです。

国税庁は問30で、売手が負担する振込手数料相当額の経理処理には売上げに係る対価の返還等（売上値引き）として処理する方法と、支払手数料として処理する方法があるとしています。インボイス制度の開始後も、支払手数料から売上値引きへ処理を変更することは可能です。

売上値引きとして処理する場合、原則としては適格返還請求書（返還インボイス）の交付が必要になります。ただし、税込1万円未満の返還等については交付義務が免除されます。 振込手数料相当額は通常1万円未満なので、実務上は交付不要になります。この免除には適用期限や適用対象者の制限がなく、恒久的な措置です。

経理上は支払手数料としたまま、消費税法上は売上げに係る対価の返還等として扱うこともできます。その場合は、適用税率ごとの区分と、売上げに係る対価の返還等である旨を帳簿に記載する必要があります。会計システム上は、通常の支払手数料とは別のコードを立てて判別できるようにしておく対応が示されています。

なお契約関係によっては、買手が売手のために振込手数料を立替払いしたという整理になることもあります。この場合、売手が仕入税額控除を受けるには、買手が金融機関から受け取ったインボイスと、買手が作成した立替金精算書等の交付を受ける必要があります（買手が差し引く額は、金融機関の振込手数料と同額であることが前提です）。ただし買手がATMで振り込んでいたときは、自動販売機特例が効くため、これらの書類の保存は不要で帳簿のみで足ります。 ここでもATMかどうかが分岐になります。

2026年1月から、そもそも差し引くこと自体が禁止された取引がある

2026年に入って、この論点には前提の変化がありました。

2026年（令和8年）1月1日に、下請法が「取適法（トリテキ法）」に変わりました。 公正取引委員会のリーフレットには、同日以降に発注した取適法の適用対象取引について、中小受託事業者に振込手数料を負担させて代金から差し引くことは「減額」に該当し、禁止されると明記されています。さらに、中小受託事業者との合意の有無にかかわらず違反になるとされています。「先方と合意しているから大丈夫」という運用は、対象取引では通りません。

これは税務の話ではなく取引ルールの話ですが、順番として先に効きます。 自社が委託事業者側で、対象取引で手数料を差し引いているなら、処理をどうするかを考える前に差し引き自体をやめる必要があります。逆に受託側なら、2026年1月以降の発注分について満額が入金される前提に変わります。

自社の取引が取適法の対象に当たるかどうかは、資本金や取引の類型で決まります。ここは公正取引委員会の資料で確認してください。

事務の量そのものを減らす方法

ここまでの話は、振込の件数と単価が多いほど重くなります。 逆に言えば、単価を下げると金額も事務の重みも同時に軽くなります。

参考までに、法人口座の他行宛振込手数料を1件119円（税込）に固定している窓口があります。ラクスル株式会社グループのラクスルバンクで、実体はGMOあおぞらネット銀行の専用支店です。2026年10月13日にGMOあおぞらネット銀行の提携サービス口座ページで確認した金額は次のとおりです（2026年8月17日現在と注記あり）。

項目 金額（税込）
口座の開設・維持 かからない
振込：GMOあおぞらネット銀行宛 0円 / 件
振込：他行宛 119円 / 件（金額帯で変わらない一律）

1件あたり550円を払っている会社が月30件（年360件）を119円に替えると、差額は431円 × 360件で年155,160円です。月10件なら年51,720円。効くのは手数料の安さより、年に何件振り込むかのほうです。

ただし申し込む前に確かめておくべき制約が3つあります。いずれも公式に明記されています。

  1. 法人だけです。 ラクスルバンクの公式FAQは「個人・個人事業主の方は口座を開設いただけません」と記載しています。また、日本国外に在住の方・在住予定の方も申し込めません。法人登記をしていない団体は、所定の要件を満たし必要書類をそろえれば開設できる場合があるとされています。
  2. RAKSUL BANKを使っていることが前提です。 GMOあおぞらネット銀行側の説明に「RAKSUL BANKを使わずに口座だけを利用することはできない」旨の記載があります。口座だけ切り出して持つことはできません。
  3. 使えない機能があります。 同ページには、ラクスルバンク支店では「振込料金とくとく会員」「ビジネスID管理」「決済用預金」「複数口座（追加口座）」などが利用できないと明記されています。GMOあおぞらネット銀行の本体口座で月額500円を払って他行宛99円にする選択肢は、ラクスルバンク支店では取れません。

申し込みは、本人確認の方法によって速さが変わります。公式FAQによれば、取引責任者と代表者が同一で、マイナンバーカードの読取ができる場合は最短即日です。別の場合は「完了まで数日かかります」と書かれています。審査自体は最短当日から1週間程度、郵送物は手続き完了メールから7営業日が目安です。申込フォームには登記簿謄本が必要なので、手元に用意してから始めてください。

👉 代表者本人で申し込めば最短即日になる条件と、登記簿謄本の要否をラクスルバンクの公式サイトで確認する

向いている人

  • 他行宛の振込が月10件以上あり、1件400円以上払っている法人。 年4万円以上の差になり、少額特例が終わったあとに残る金額の重みも軽くなります
  • 3万円以上の高額振込が多い法人。 他行宛が一律なので、金額帯で手数料が上がる体系から移すほど差が開きます
  • 取引先や自社の他口座にGMOあおぞらネット銀行を使っているところがある法人。同行宛は0円です
  • ラクスルで印刷物を継続発注している法人。 口座の利用とサービスの利用が前提条件なので、もともと使っているなら制約になりません

向いていない人

  • 個人事業主・フリーランス。 公式FAQが開設できないと明記しています。法人成りするまでは選択肢に入りません
  • GMOあおぞらネット銀行の本体機能を使いたい法人。 とくとく会員・複数口座・決済用預金はラクスルバンク支店では利用できません
  • ラクスルを使う予定がない法人。 口座だけを利用することはできない前提です
  • 現金の入出金が中心の商売。 削減できるのは振込の手数料です。現金の出し入れが多いと効きが薄くなります

処理を決める前に確認しておきたいこと

  1. 自社が少額特例の対象かどうか。 基準期間の課税売上高が1億円以下などの要件に当たるかを先に確かめてください。対象でないなら、次の2番は今日やる作業になります
  2. メイン行ごとに、手数料のインボイスを1枚だけ取る。 登録番号・適用税率・取引内容が入った「手数料のお知らせ」でも代えられます
  3. ATM経由とネットバンキング経由の内訳を把握する。 ATM分は帳簿のみで足ります。保存の手当てが要るのは残りです
  4. 差し引かれて入金されている取引があるか。 ある場合は、売上値引きで処理するか支払手数料で処理するかを決め、会計システム上で判別できるようにしておきます
  5. その取引が取適法の対象かどうか。 2026年1月1日以降の発注分では、対象取引で差し引くこと自体が禁止されています
  6. 年間の振込件数と1件あたりの単価。 直近3か月を数えて4倍すると概算が出ます。単価を下げる価値があるかはここで決まります

よくある質問

Q. 振込手数料の勘定科目は何ですか。

A. 一般には支払手数料です。雑費でも税額は変わりませんが、金額の推移を追うなら支払手数料にまとめておくほうが使えます。消費税の区分は課税仕入れです。

Q. 銀行の振込手数料は帳簿だけで仕入税額控除できると聞きました。

A. ATMで振り込んだ分についてはそのとおりです。機械装置だけで完結する取引として自動販売機特例の対象になります。インターネットバンキングと窓口はこの特例の対象外です。 国税庁の問103－2が、代わりに通帳・入出金明細とその金融機関での任意の一取引分の適格簡易請求書の組み合わせでよいと示しています。

Q. うちは1万円未満なので帳簿だけで済んでいます。

A. 少額特例の要件に当たっているのだと思われます。ただしこれは令和5年10月1日から令和11年9月30日（2029年9月30日）までの経過措置です。期限後は原則どおりの保存に戻ります。

Q. 取引先が振込手数料を引いて入金してきます。どう処理しますか。

A. 売上げに係る対価の返還等（売上値引き）として処理する方法と、支払手数料として処理する方法があります。売上値引きとして処理する場合、原則は返還インボイスの交付が必要ですが、税込1万円未満は交付義務が免除されます。この免除に期限はありません。

Q. 差し引かれた分について、こちらから何か発行する必要はありますか。

A. 上記のとおり、1万円未満であれば返還インボイスの交付義務は免除されます。経理上は支払手数料としたまま消費税法上は対価の返還等とする場合は、適用税率ごとの区分と対価の返還等である旨を帳簿に記載してください。

Q. 2026年1月の取適法で何が変わりましたか。

A. 公正取引委員会のリーフレットによれば、2026年1月1日以降に発注した取適法の適用対象取引について、中小受託事業者に振込手数料を負担させて代金から差し引くことは「減額」に該当し、合意の有無にかかわらず違反になるとされています。

Q. 軽減税率の取引で値引きした場合の税率は。

A. 元の課税資産の譲渡等の税率に従います。軽減税率（8%）対象の取引であれば、振込手数料相当額の売上値引きにも8%が適用されます。

Q. 個人事業主でもラクスルバンクの口座は作れますか。

A. 作れません。公式FAQに「個人・個人事業主の方は口座を開設いただけません」と記載されています。日本国外に在住の方・在住予定の方も申し込めません。

Q. 口座開設や維持にお金はかかりますか。

A. GMOあおぞらネット銀行の提携サービス口座ページには「口座の開設・維持には料金はかかりません」と記載されています（2026年10月13日確認）。

まとめ

振込手数料の勘定科目は支払手数料で、迷うところはありません。詰まるのは消費税の保存書類のほうで、分岐はATMかどうかです。 ATMなら帳簿だけ、ネットバンキングと窓口なら通帳・入出金明細とその金融機関での任意の一取引分のインボイス。これだけ押さえれば経路の問題は終わります。

1万円未満の少額特例に乗っている場合も、2029年9月30日で終わる経過措置だという前提は持っておいてください。インボイスを1枚取って保存する作業自体は5分です。

売る側で差し引かれているなら、売上値引きか支払手数料かを決めて帳簿の記載をそろえること。そして2026年1月以降は、取適法の対象取引で差し引くこと自体が禁止されたという順番の変化があります。

最後に、件数と単価を下げると、この話の後半はまるごと軽くなります。 年間の振込件数を数えて、1件あたりいくら払っているかを出すところまでやってみてください。そのうえで単価を下げる価値があると判断できたなら、条件を確認する段階に進めます。

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